Ubuntu ServerにおけるApacheの各種設定ファイルについて

/etc/apache2/apache2.conf
apache2の全体設定用ファイル

/etc/apache2/conf.d/
各種Webアプリケーションなどの設定ファイルを配置するディレクトリ

/etc/apache2/envvars
環境設定ファイル

/etc/apache2/httpd.conf
過去の互換性のために存在するファイル（中身は空）

/etc/apache2/mods-available/
モジュールファイルが置かれるディレクトリ

/etc/apache2/mods-enabled/
使用するモジュールへのリンクファイルが置かれるディレクトリ

/etc/apache2/ports.conf
ポート番号

/etc/apache2/sites-available/
サイト定義ファイルが置かれるディレクトリ

/etc/apache2/sites-enabled/
使用するサイト定義ファイルへのリンクファイルが置かれるディレクトリ

/etc/init.d/apache2
rcスクリプト

/usr/sbin/a2dismod
モジュールを無効にする

/usr/sbin/a2dissite
サイトを無効にする

/usr/sbin/a2enmod
モジュールを有効にする

/usr/sbin/a2ensite
サイトを有効にする

/usr/sbin/apache2
実行用バイナリ

/usr/sbin/apache2ctl
コントロール用スクリプト

/var/www/
HTMLファイルや画像ファイルなどを配置するディレクトリ

/var/log/apache2/access.log
クライアントからのアクセスを記録するログファイル

/var/log/apache2/error.log
エラーを記録するログファイル

参照URL:徒然なるままに・・・ | Apache：インストール
他にも詳しくいろいろと。参照させていただきました。ありがとうございました。